Музей геологии и полезных ископаемых Республики Башкортостан создан в 1934 году на основе коллекций каменного материала, собранного в ходе первых геологоразведочных работ в пределах территории деятельности Южно-Уральского территориального управления. В последующем коллекции музея пополнялись не только образцами с территории Башкортостана и сопредельных территорий, но и образцами горных пород и минералов со всего мира, поступавших в музей в качестве дара различных производственных и научных организаций, а также частных лиц. Коллекционный материал музея пополняется и в настоящее время. Общее количество экспонатов музея приближается сегодня к 5,5 тысячам, а в трех его в залах на площади около 300 кв. м выставлено около 65% наиболее представительных образцов горных пород и минералов Башкортостана и сопредельных территорий.
Становление и развитие музея как научно-просветительного и учебного геологического центра Башкортостана связано с такими именами широко известных в Башкортостане геологов – практиков и ученых как: Ф.Ф. Чебаевский, В.К. Яшнева, Р.Г. Орлова, Г.Ш. Жданов и др.