Экспозиция музея организована по историко – хронологическому принципу. В ней представлены экспонаты, имеющие отношение к медицине и к здравоохранению г. Челябинска, архивные материалы, начиная с появления в городе первых медицинских работников в 18 веке. Значительный объем экспозиции занимают период 30-х годов ХХ века, когда в городе стали появляться многие лечебно – профилактические учреждения при строящихся предприятиях. Отдельный блок отведен периоду Великой Отечественной Войны и участия медицинских работников в ней. Отражена работа эвакогоспиталей, развернутых во время войны в Челябинске.

В настоящее время в связи с юбилеем ведется большая работа по освещению участия медицинских работников в Великой Отечественной Войне, составляется общегородской список участников. На основе архивных документов исследуется вклад ученых, эвакуированного в Челябинск Киевского медицинского института, в работу больниц и госпиталей в годы войны. Составляются списки врачей и среднего медперсонала, эвакуированных в Челябинскую область в эти годы.

Особенностью музея является освещение деятельности не только системы здравоохранения в целом, но и биографий многих известных в городе врачей и их вклад в систему здравоохранения. Воссозданы, на основе переданных в музей предметов, мебели, книг, персональные кабинеты Петра Михайловича Тарасова и профессора Романа Иосифовича Лившица, развернуты персональные экспозиции, посвященные многим медикам, оформлены стенды в отдельном помещении по службам и учреждениям, сформированы фотоальбомы.