Тюрьма Трубецкого бастиона построена на территории Петропавловской крепости в 1870—1872 годах по проекту инженеров К. П. Андреева и М. А. Пасыпкина. Двухэтажное, пятиугольное в плане здание было возведено на месте разобранных внутренних стен Трубецкого бастиона. С первых дней существования она выполняла функции следственной политической тюрьмы, все заключенные находились под контролем высшего органа политического сыска России — III Отделения (позднее Департамента полиции). В 1880—1884 годах в Трубецком бастионе существовала и политическая каторга, предусматривавшая более суровые условия содержания каторжан по сравнению с подследственными. В тюрьме Трубецкого бастиона была создана строжайшая система одиночного заключения, целью которой была полная изоляция заключенного от внешнего мира и других арестантов. Первоначально в тюрьме было 71 одиночная камера, а с 1878 года их стало 69. Охрана тюрьмы осуществлялась единственной в стране специальной Наблюдательной командой, с 1880 года к ним была добавлена команда жандармских наблюдателей. За время существования тюрьмы при самодержавии через ее камеры прошло более полутора тысяч узников.