Парфёнов родился в Череповце. В 1982 году окончил факультет журналистики Ленинградского университета имени Жданова. В студенческие годы печатался в газетах "Правда", "Огонёк" и "Московских новостях". В 1986 году был специальным корреспондентом молодежной редакции Центрального телевидения, а через два года перешел на "Авторское телевидение".
В 1990-91 годах выпускал программу "Намедни", а с 1991-93 года работал на Первом канале. В 1993 начал работу на НТВ, где возродил "Намедни" и выпускал программу до 2004 года. В конце 90-х был главным продюсером НТВ.
В 2004 году был уволен с телеканала за сюжет "Выйти замуж за Зелимхана" и перешёл на Первый канал, где снял множество документальных картин, в их числе "О, мир — ты спорт!", "Птица-Гоголь", "Цвет нации" и другие.
Выпускал на Первом канале программу "Волшебный мир Disney" и на Дожде "Парфенов и Познер". Журналист четырехкратный обладатель премии "ТЭФИ". Он обладатель премии имени Владислава Листьева, которой был удостоен в 2010 году.
В начале 2019 года возобновил "Намедни", но уже на YouTube. Каждый эпизод посвящен одному году из истории СССР с 1946 по 1960 год.
Последний фильм Парфёнова — "Русский грузины", посвящен обрусевшим, сделавшим карьеру в России и вошедшим в русскую историю, грузинам. Съемки проводились в Грузии и России.
