Волшебница Царица Ночи обманом завлекает принца Тамино в свои владения и показывает ему портрет своей дочери Памины, будто бы украденой злым волшебником Зарастро. Очарованный красотой Памины и глубоко тронутый рассказом Царицы Ночи, принц обещает спасти девушку и, получив в подарок волшебную флейту, отправляется в трудный и опасный путь в сопровождении птицелова Папагено. 

Однако когда Тамино оказывается в царстве Зарастро, ему открывается правда: Памина не похищена, она добровольно ушла из дома, чтобы присоедeниться к братству мудрых и справедливых. Тамино и сам намерен принять посвящение в братство. Он благополучно преодолевает все испытания, а последнее - вместе с любящей его Паминой. 

Под напев волшебной флейты влюбленные бесстрашно проходят сквозь пламя и бушующие волны. Царица Ночи и три ее верные помощницы - феи пытаются помешать Тамино и Памине соединиться и стремятся разрушить храм мудрости, но в борьбе с Зарастро Царица Ночи теряет свое волшебное копье и терпит поражение. Она отступает, а жрецы Зарастро возносят хвалу разуму и любви.