История театра началась в 1925 году – тогда при Центральном комитете профсоюза железнодорожников был организован "отраслевой" театр, называвшийся Передвижным театром драмы и комедии. С 1930 года театр железнодорожников находился в ведении Главискусства Наркомпроса РСФСР, затем в 1931 году был принят в полное ведение ЦК профсоюза работников железнодорожного транспорта и переименован в Московский театр транспорта. Существенно повлияло на становление театра художественное шефство, взятое над ним в 1934 году ведущими актёрами МХАТа 2-го — народным артистом СССР Иваном Берсеневым, народным артистом РСФСР Владимиром Готовцевым, народной артисткой РСФСР Серафимой Бирман. В 1939 году театр начал именоваться Центральным театром транспорта, главным режиссером стал народный артист РСФСР Николай Петров.

В 1943 году театр обрел постоянное помещение на улице Казакова, 8, в здании дореволюционной постройки – бывшем железнодорожном депо. В 1959 году коллектив получил своё современное название – Московский драматический театр им. Н. В. Гоголя.

За 97 лет существования Театр им. Н.В. Гоголя возглавляли известные театральные режиссеры: народный артист РСФСР Илья Судаков (1948-1952), заслуженные деятели искусств РСФСР Владимир Гольдфельд (1953-1959), Петр Васильев (1958-1961), народные артисты РСФСР Александр Дунаев (1961-1965) и Борис Голубовский (1965-1987), одни из которых привносили новые черты в искусство театра, а другие хранили и продолжали его традиции. С 1987 по 2012 год художественным руководителем театра был народный артист России Сергей Яшин. Режиссёр первым в России поставил "Долгое путешествие в ночь" Ю. О‘Нила (1995), а также представил российской публике трилогию по драматургии Т. Уильямса: "Костюм для летнего отеля" (1993), "Знак батареи Красного дьявола" (1994) и "Записная книжка Тригорина" (2001). Со времён руководства Сергея Яшина в Театре им. Н.В. Гоголя по сей день продолжают работать такие артисты, как Олег Гущин, Ирина Выборнова, Ольга Науменко, Людмила Чиркова, Ирина Рудницкая (Леонтьева), Людмила Гаврилова.

В 2012 году новым художественным руководителем театра был назначен Кирилл Серебренников. В 2013 году на базе театра открылся "Гоголь-центр". Среди самых известных спектаклей режиссёра этого периода: "Мёртвые души" (премия "Хрустальная Турандот"), "Маленькие трагедии" (премия "Золотая Маска"), "Барокко" (премия "Звезда Театрала"). В 2021 году художественным руководителем театра был назначен Алексей Агранович.

4 июля 2022 года проект "Гоголь-центр" был закрыт. Новым художественным руководителем МДТ им. Н.В. Гоголя был назначен режиссер Антон Яковлев – лауреат Премии города Москвы в области литературы и искусства за постановку спектаклей "Макбет" в Московском драматическом театре на Малой Бронной и "Лес" в Московском академическом театре сатиры, а также многократный лауреат и номинант премий "Звезда Театрала" и "Золотой софит".