Традиции сохранения и показа древних вещей были заложены еще в Юрьевском университете, где функционировал музей древностей и изящных искусств. В структуре же Воронежского университета, как правопреемника Юрьевского он начал работать с 1920 года . Многие вещи, хранившиеся тогда в запасниках, исчезли в годы Великой Отечественной войны, а часть их сейчас экспонируется в музее им.Крамского. Это и великолепнейшие образцы античного искусства, и египетские древности, и артефакты древнеримского времени.

Импульс к созданию собственно археологического музея был дан в конце 40-х гг., когда в университете начинает работать ученица известнейшего советского археолога В.И.Равдоникаса Анна Николаевна Москаленко. Коллекции собранные в процессе разведок и раскопок проводимых этим ученым первоначально передавались в краеведческие музеи Липецка и Воронежа. Но частично они оставались и на кафедре истории СССР (Истории России). Это и послужило шагом к созданию фондохранилища при кафедре.

Создание музея стало возможным, благодаря усилиям сотрудников кафедры археологии и истории древнего мира и, прежде всего, А.Д.Пряхина и В.И.Беседина. Именно В.И.Беседин и стал первым его заведующим (1983-1986 гг.). С 1986 по 2000 год музей возглавлял Ю.Д.Разуваев , а с 2000 года по настоящее время к.и.н. В.Н.Ковалевский. В 2005 году введена ставка главного хранителя фондов, на данный момент главным франителем фондов является В.И. Такмаков.

На сегодня в фондах музея насчитывается сотни тысяч единиц хранения из которых около 900000 являются фондами вспомогательными и приблизительно 5000 - основными. Формирование фондов стало результатом работ археологических экспедиций ВГУ, проводимых в основном на территории Воронежской области, а также в регионах, попадающих в сферу интересов воронежских специалистов. Наиболее эффектные находки представлены на общеуниверситетском сайте в Интернете.

Работа музея археологии Воронежского университета регламентируется "Положением о музее археологии Воронежского государственного университета" от 18.05.1983 г. Основными направлениями его деятельности сегодня является обеспечение необходимого уровня хранения коллекций, а также:

Их использование в научных, культурно-просветительских и учебных целях;

Проведение исследовательской работы.

На сегодняшний день все коллекции доступны для исследовательской работы. Они востребованы не только археологами-профессионалами для написания кандидатских и докторских диссертаций, но также и специализирующимися на кафедре археологии и истории древнего мира студентами. Особенно востребованы отчетные материалы, архив которых создавался с начала 1960-х гг. Перечень отчетов, как и наиболее интересные материалы, выставлены на музейном сайте, который был создан В.И.Бесединым и сегодня активно поддерживается его учениками.

При музее функционирует археологический кружок, на заседаниях которого и студенты и специалисты делают тематические сообщения (выступали А.З. Винников, А.П. Медведев, М.И. Гоняный, М.В. Цыбин, Ю.В. Селезнев и др. историки и археологи).