Экспозиция музея размещается в анфиладе комнат первого этажа главного дома усадьбы. В каждом из помещений внимание привлекает ведущий предмет. Он превращен в символическую инсталляцию и выражает акцент комнаты. В прихожей это "сундук странствий", в гостиной — камин, в кабинете — конторка, в зале "Ревизор" — кресло, в комнате памяти — посмертная маска Гоголя. Соседние предметы мебели и детали интерьера включены в образ на уровне актеров "второго плана". 

В музее собраны подлинные исторические предметы и произведения искусства, а также вещи, принадлежавшие Гоголю.

В двух отведенных ему комнатах первого этажа писатель работал над вторым томом "Мертвых душ". По словам Гоголя, в произведении должна была отразиться вся Русь, где бы "предстал весь русский человек со всем разнообразием богатств и даров, доставшихся ему на долю... и со всем множеством тех недостатков, которые находятся в нем".

В тот же, московский, последний период жизни писатель готовил к печати второе собрание своих сочинений, работал над духовной прозой.

В этом доме Гоголь сжег часть своих рукописей за 10 дней до смерти.

Второй этаж экспозиции знакомит с книгами Гоголя, исследованиями о его жизни и творчестве. Представлены портреты хозяев дома, гравюры, литографии с видами памятных мест, связанных с именем писателя. 

Особенностью книжного фонда "Дом Гоголя" является его гуманитарная направленность. Это обусловлено и научной деятельностью Мемориального центра, и нашим тесным сотрудничеством с гуманитарными вузами, расположенными, как и "Дом Гоголя", в историческом центре Москвы. В читальном зале и на абонементе можно найти книги по философии, литературоведению, психологии, искусству, религиозную и художественную литературу. Особое внимание уделяется изданиям произведений Н. В. Гоголя, а также материалам, связанным с его жизнью и творчеством.