Монастырь был основан в начале XIV столетия в честь Пресвятой Троицы и во имя святителя Ипатия епископа Гангрского, считается одним из древнейших в России.

В XIV-XV веках монастырь являлся форпостом на северо-восточном рубеже Российского государства. Его история в этот период связана с именами Великих князей Василия Ярославича, святого благоверного князя Дмитрия Донского, великого князя Московского и Владимирского Василия I Дмитриевича и великого князя Московского Василия II Темного, царей Иоанна IV Грозного, Федора Иоанновича, Бориса Годунова. 

В XVII веке в Ипатьевском монастыре укрылся Михаил Романов, именно здесь начиналось трехсотлетнее царствование Дома Романовых. С этого момента за обителью закрепилось название - "колыбель" Дома Романовых. 

Монастырь расположен в одном из самых живописных уголков Костромы - на стрелке, где река Кострома впадает в Волгу.

В музее при монастыре можно увидеть:

• Письменные и печатные: старопечатные и рукописные церковно-богослужебные книги, книги религиозно-нравственного и церковно-исторического содержания, старые акты и документы, метрические книги, дарственные грамоты, планы;
• Памятники церковной архитектуры в рисунках, фотографиях, гравюрах, моделях, образцах.
• Памятники, выявленные в ходе археологических раскопок и представляющие интерес для церковно-исторической науки.
• Памятники церковной живописи и скульптуры, а также памятные знаки, юбилейные медали, монеты.
• Предметы богослужебного предназначения: Святые Антиминсы, Священные сосуды, Евангелия, кресты, иконы, облачения и старинная церковная утварь иного рода.
• Предметы, исторически происходящие из Ипатьевского монастыря.
• Предметы (книги, иконы и прочее) Романовского фонда, связанные с царствовавшей в России династией Романовых, пребыванием её представителей на Костромской земле.
• Предметы личного фонда церковных деятелей, связанных с Костромским краем.
• Предметы с дарственными надписями, автографами, экслибрисами церковных деятелей, связанных с Костромским краем.