Писатель родился 21 февраля 1964 года в Киеве. Закончил русское отделение филологического факультета Киевского государственного университета. После этого поступил в аспирантуру при Отделе древнерусской литературы. Впоследствие во время работы в институте Водолазкин публиковался в "Трудах Отдела древнерусской литературы", журнале "Русская литература", работал над Энциклопедией "Слова о полку Игореве".
Среди самых известных художественных произведений автора такие как: роман "Лавр", "Авиатор", сборник "Дом и остров, или Инструмент языка", "Инструмент языка. О людях и словах", сборник "Совсем другое время" и другие.