Первые лютеране появились в Москве в XVI веке. Это были приглашенные из Европы ремесленники, врачи и купцы. А уже в 1694 году Пётр I заложил лютеранскую каменную церковь во имя святых апостолов Петра и Павла – которая и была освящена год спустя, при его личном присутствии. Во время Большого Московского пожара 1812 года, храм сгорел. И приход приобрёл усадьбу Лопухиных близ Покровки, на Старосадском переулке. На средства короля Пруссии Фридриха-Вильгельма III, а также при участии Александра I, в июне следующего года началась перестройка купленного дома под церковь – были возведены купол и крест. 18 августа 1819 года храм освятили. В феврале же 1837 года в нём впервые зазвучал орган. В 1862 году была произведена реконструкция в неоготическом стиле, по плану архитектора А.Майнхардта. А в 1863 году на башню был поднят колокол, подаренный кайзером Вильгельмом I.

Церковь играла огромную роль не только в религиозной, но и в музыкальной жизни Москвы – в ней выступали известные московские и иностранные исполнители. Достаточно упомянуть органный концерт Ференца Листа, который прошёл 4 мая 1843 года.

5 декабря 1905 года состоялось освящение церкви в качестве Кафедрального собора Московского Консисториального округа. В 1918 году собор получил статус Кафедрального собора России, а затем и всего Советского Союза.

Однако в послереволюционные годы в СССР начались гонения на религию. Здание у общины забрали. В 1937 году собор переделали под кинотеатр "Арктика", а затем передали студии "Диафильм". Произведённая перепланировка, к сожалению, полностью уничтожила весь внутренний интерьер. В 1941 году церковный орган был эвакуирован в оперный театр Новосибирска, где был частично пущен на металлолом, частично – на декорации. А перед Всемирным фестивалем молодёжи и студентов в 1957 года был разобран шпиль собора.

В июле 1992 года, постановлением Правительства Москвы здание было возвращено общине. И в 2004 году, после долгих усилий, удалось найти спонсоров, как среди частных лиц, так и среди организаций. Это дало возможность приступить к масштабным восстановительным работам. Наконец, 30 ноября 2008 года, во время торжественного богослужения, состоялось освящение возрождённого собора.

В настоящее время в соборе, помимо богослужений, проходят многочисленные концерты – звучат музыкальные инструменты, поют восхитительные голоса, оживает волшебная музыка. Установленный напротив алтарной части орган "SAUER" (построен в 1898 году предприятием Вильгельма Зауэра, одной из крупнейших органостроительных фирм Германии) – один из немногих сохранившихся в России романтических органов девятнадцатого столетия. Уникальная акустика Евангелическо-Лютеранского Кафедрального собора святых Петра и Павла даёт возможность в полной мере насладиться его звучанием.

В Соборе действуют определённые правила.

Вход на большинство концертов осуществляется по билетам. Зал открывается за 30 минут. После начала концерта вход в зал не разрешается, чтобы не мешать другим слушателям.

Опоздавшие проходят на балкон независимо от категории билетов.